缘起

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未来世界并非天下大同，在历经多次的战乱后，地球的环境日益恶化。人类为了实现移居月球的计划而开始建造月球通道，这项计划被命名为“雅科布计划”。同时人类也开发出了新智慧型机器人，并且大量生产供应月球。然而在一次轨道输送货柜坠落的事故中，艾克斯竟然意外地发现一批新智慧型机器人拥有复制DNA芯片的能力。更危险的是，4号货柜里的这批机器人竟然能轻易地复制了应该已被完全消灭的“西格玛”的DNA，而且能抵抗所有病毒的侵袭。紧接着各地也纷纷传出了新智慧型机器人发生暴动的事件。为了找出幕后真相并平定各地的动乱，艾克斯率领着杰洛和艾克赛尔展开了前途未卜的冒险。